- מסלול א' ומסלול אישי - בוגרי תואר ראשון באחד מחוגי ההיסטוריה שציונם בו הוא 80 לפחות, עם ציון של 80 לפחות בחוג השני.

- מסלול ב' - בוגרי תואר ראשון באחד מחוגי ההיסטוריה שציונם בו הוא 80 לפחות, ושהשיגו ציון 76 לפחות בחוג השני

- בוגרי חוגים אחרים יידרשו ללימודי השלמה לפי החלטת ועדת המ"א החוגית

- מועמדים בוגרי אוניברסיטאות מוכרות מחו"ל וכן בוגרי אוניברסיטאות בעלות שלוחות בישראל, אשר פועלות באישור המועצה להשכלה גבוהה, יחויבו לעמוד בהצלחה בבחינת ה- GRE או בלימודי השלמה במסגרת התואר הראשון. לפרטים נוספים, יש לפנות לתקנון לימודים לתואר שני

- בחינת ידע בעברית - מועמד בעל תואר ראשון ממוסד מוכר להשכלה גבוהה, ששפת ההוראה בו אינה עברית, חייב לעמוד בבחינת ידע בעברית ברמה הנדרשת על-ידי האוניברסיטה במהלך לימודיו כתנאי לזכאותו לתואר

- במידת הצורך, יתקיים ראיון עם יו"ר ועדת המ"א החוגית

שנה א׳ - סה"כ 14 שש"ס
- קורס ״כלים למחקר וכתיבה היסטורית״ מתוקשב (בית הספר להיסטוריה) בציון "השלים"
- סמינר (כולל הגשת עבודה סמינריונית) - 4 שש"ס
- קורס מתודולוגי - 2 שש"ס
- סמינר מחקר א׳ - 2 שש"ס
- קריאה מודרכת - 2 שש"ס
- קורסי בחירה בחוג - 4 שש"ס

שנה ב׳ - סה"כ 14 שש"ס
- סמינר (כולל הגשת עבודה סמינריונית) - 4 שש"ס
- קורס מתודולוגי - 2 שש"ס
- קריאה מודרכת - 2 שש"ס
- קורסי בחירה מחוץ לחוג (רמה 3 או 4) - 4 שש"ס
- קורס בחירה בחוג או מחוץ לחוג (רמה 3 או 4) - 2 שש"ס

עבודת גמר מחקרית (תזה) - 8 שש"ס
תלמיד מסלול א׳ או מסלול אישי יבחר את נושא העבודה תוך התייעצות עם המנחה/ים. במסגרת הקורס סמינר מחקר א׳ תוגש טיוטה של הצעת המחקר כחלק מדרישות הקורס. הצעת המחקר תוגש לוועדת תואר שני החוגית עד סוף סמסטר א׳ של שנת הלימודים השנייה, (כלומר, עד סוף הסמסטר השלישי ללימודים), בחתימת המנחה ובשלושה עותקים. עם תום לימודיו יגיש התלמיד את עבודת התיזה לשיפוט בהתאם לנהלי הכנה והגשה של עבודת גמר של הרשות ללימודים מתקדמים.

שנה א׳ - סה"כ 20 שש"ס
- קורס כלים למחקר וכתיבה היסטורית (מתוקשב) בציון "השלים"
- שני סמינרים (עם כתיבת עבודה סמינריונית) – 8 שש"ס
- קורס מתודולוגי – 2 שש"ס
- קריאה מודרכת – 2 שש"ס
- קורסי בחירה בחוג – 4 שש"ס
- קורסי בחירה בחוג או מחוץ לחוג – 4 שש"ס

שנה ב׳ - סה"כ 16 שש"ס
- סמינר (עם כתיבת עבודה סמינריונית) – 4 שש"ס.
- קורס מתודולוגי – 2 שש"ס
- קריאה מודרכת – 2 שש"ס
- קורסי בחירה בחוג – 4 שש"ס
- קורסי בחירה בחוג או מחוץ לחוג – 4 שש"ס

בחינת גמר
בתום לימודיו במסלול זה ייבחן התלמיד בבחינת גמר באישור ועדת תואר שני החוגית. מטרת הבחינה לאפשר לתלמיד להפגין את יכולתו לטפל בשאלות היסטוריות רחבות תוך איגוד מקורות מחקריים מגוונים ודיון ביקורתי ומובנה בהם.

החל משנה"ל תש"פ כל המועמדים לחוג לתואר שני ירשמו תחילה ללימודים במסלול ב', מסלול ללא תזה. תלמיד שיהיה מעוניין לעבור למסלול א׳ מחקרי יוכל לעשות זאת לאחר השלמת שנת לימודים ראשונה ולאחר שיחה עם ראש ועדת המ"א. המועד האחרון האפשרי למעבר בין המסלולים יהיה סוף הסמסטר השלישי ללימודי התואר. במקרים מיוחדים נשקול לאפשר לתלמידים שיהיו מעוניינים בכך להרשם מראש למסלול א', על סמך הערכת השגיהם בתואר הראשון ואחרי ראיון עם ראש ועדת המ"א.