המסלול האישי הינו מסלול לימודים הבנוי סביב תחום התמחות מרכזי הנבחר ע"י התלמיד וחוצה דיסציפלינות. היקף הלימודים זהה למסלול א' (36 שש"ס). ניתן לקחת יותר קורסים מחוגים אחרים בהתאם לתחום התמחות.
תלמיד המסלול האישי יכתוב עבודת גמר. הוא יבחר לעצמו שלושה סמינריונים בנושא התמחותו, ויחוייב להגיש באחד מהם עבודה סמינריונית ובשנים הנותרים - רפראט. שאר הקורסים להשלמת מכסת הלימודים ייקבעו ע"י יו"ר ועדת המ"א החוגית. תכנית הלימודים חייבת את אישור הדיקן ללימודים מתקדמים. על התלמיד לשמוע בחוג הראשי 28 שש"ס לפחות.
